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１、身體任何部位
身體任何部位都能做磁共振成像檢查，比如顱腦、肝腎臟和膽道、乳腺和心肺、頸部和前列腺、四肢關節以及外周血管等。
２、多種疾病
磁共振成像能用于診斷多種疾病，比如外傷或先天性疾病、中毒或代謝性疾病、血管疾病、結核或其他感染、寄生蟲感染以及腫瘤等。
３、脊髓和顱腦
磁共振成像在顱腦和脊髓等方面應用比較廣泛且有優勢，比如出血性病變、血管性疾病和退行性病變、感染和腫瘤、發育畸形以及白質病變，還有蛛網膜下腔病變、腦室系統等。同時在診斷后顱凹、顱頸交界區病變有一定的優勢。
４、頸部病變
磁共振成像對軟組織高分辨率，產生血管流空效應以及流入增強效應，能及早發現頸部病變，清晰了解頸部肌肉、血管和淋巴結，也能清晰看到甲狀腺、咽喉等部位。
５、占位性病變
磁共振成像對占位性病變、肺門淋巴結腫大、縱隔等有很高的診斷價值。不過，磁共振成像對肺部病變，包括肺部鈣化、小病灶等檢測率不如ＣＴ。
６、心臟
由于心臟有周期性搏動特點，磁共振成像根據此特點能準確診斷心包病變、心臟以及心肌病變、先天性心臟病等，同時能對心臟功能定量分析。磁共振成像的流空效應能顯示出大血管疾病，包括主動脈夾層、主動脈瘤等。
７、肝臟病變
磁共振利用多參數技術，再加上快速序列，在診斷肝臟病變方面有一定的價值，能幫助鑒別肝臟良性或惡性病變。無需用造影劑就能診斷出來的膽囊、胰腺和膽道等病變。
８、腎臟
磁共振對腎臟疾病診斷有一定的優勢，無需造影劑就能顯示尿液造影圖像，用于診斷輸尿管狹窄和梗阻等。
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